自三国至南北朝时期，中国长期处于分裂割据局面，朝代更迭频繁，政权很不稳固。这时期的官制与东汉大抵相同，御史组织仍是各朝代中实施监察工作的主要机构，但是，除沿袭秦朝以来的御史组织外，出现了侧重经济监督的独立的审计机构—比部，两者分掌审计职权。比部最早出现在曹魏政权之下，当时曹魏在中央政权组织尚书台下面，设过25个办事机构，称二十五曹， 比部便是其中之一。西晋尚书领三十五曹，东晋则置十八曹，均设有比部。南北朝亦皆有比部曹，“比部主法制”、“掌诏书律令勾检等事”。这时期比部的出现，使审计的部分职权从御史监察系统移至国家行政系统并以行政系统的比部为主。比部作为专门行使经济监督权的业务机构，在我国审计发展史上占有重要地位。
魏晋以来的比部，仍为隋朝所沿置。隋朝的审计监督大权由御史大夫、刺史和比部分领。隋初，比部由尚书省都官尚书统领，开皇三年（公元583年）改都官尚书为刑部尚书，比部即归刑部。这样，审计由监察和行政性质问司法性质转变，比部的职权、地位和权威得到了进一步的明确和加强。
