由于房地产开发企业开发周期长、销售房屋频繁，每次转让房屋均进行土地增值税纳税申报不具有可操作性，所以，财政部制定的《土地增值税暂行条例实施细则》第十六条开创了预征—清算制度，即“纳税人在项目全部竣工前转让房地产取得的收入，由于涉及成本确定或其他原因，而无法据以计算土地增值税的，可以预征土地增值税，待项目全部竣工、办理结算后再进行清算，多退少补。”
由此可见，房地产开发企业土地增值税清算应该针对的是房地产开发项目。国税发【2006】187号规定：“土地增值税以国家有关部门审批的房地产开发项目为单位进行清算，对于分期开发的项目，以分期项目为单位清算。”何为“分期开发的项目”，由于国家税务总局从未发文明确，实务中引发了众多争议。在各省的土地增值税清算中，有的地方以“工程规划许可证”作为分期的标准，例如辽宁、安徽、宁波、重庆、厦门、湖北、海南；有的以“销售许可证”作为分期的标准，例如深圳；有的以税务局审核后的企业会计核算对象作为分期的标准，例如大连；还有的并未发文明确。清算单位的不确定使得纳税人无所适从。
