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亲爱的学员，您好！很高兴能为您提供帮助，您的问题答复如下：
###(1)计算该企业所得税收入总额
企业所得税收入总额包括销售货物收入、房屋出租收入、购买企业债券利息收入和从联营企业分回的利润。
-销售货物不含税收入：5500万元
-房屋出租不含税收入：80万元
-购买企业债券利息收入：4.5万元
-从联营企业分回利润：9万元

收入总额=5500+80+4.5+9=5593.5万元

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###(2)计算企业所得税税前准许扣除的销售费用
销售费用总额为200万元，其中广告费140万元。
根据税法规定，广告费扣除限额为销售（营业）收入的15%。
-销售（营业）收入=销售货物收入+房屋出租收入=5500+80=5580万元
-广告费扣除限额=5580×15%=837万元

广告费140万元未超过限额，可全额扣除。
税前准许扣除的销售费用=200万元

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###(3)计算企业所得税税前准许扣除的管理费用（不包含研发费用加计扣除额）
管理费用总额为380万元，其中业务招待费40万元，研究新产品、新技术费用100万元。
-业务招待费扣除限额为实际发生额的60%，且不超过销售（营业）收入的5‰。
-实际发生额的60%=40×60%=24万元
-销售（营业）收入的5‰=5580×0.5%=27.9万元
-可扣除的业务招待费为24万元

-研究新产品、新技术费用100万元，不包含在扣除范围内（题目要求不包含研发费用加计扣除额）。

税前准许扣除的管理费用=380-40+24=364万元

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###(4)计算企业所得税税前准许扣除的营业外支出
营业外支出总额为60万元，其中：
-非广告性质赞助费3万元（不可扣除）
-合同违约金4万元（可扣除）
-接受某部门罚款2万元（不可扣除）
-直接向受灾地区汇款15万元（不可扣除）

税前准许扣除的营业外支出=4万元

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###(5)计算该企业调整后的应纳税所得额
收入总额=5593.5万元
成本费用总额=销售成本+税金及附加+销售费用+管理费用+财务费用+准许扣除的营业外支出
-销售成本=4500万元
-税金及附加=60万元
-销售费用=200万元
-管理费用=364万元
-财务费用=20万元
-准许扣除的营业外支出=4万元

成本费用总额=4500+60+200+364+20+4=5148万元

会计利润=收入总额-成本费用总额=5593.5-5148=445.5万元

调整项：
-不可扣除的赞助费3万元
-不可扣除的罚款2万元
-不可扣除的捐赠15万元

调整后的应纳税所得额=445.5+3+2+15=465.5万元

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###(6)计算该企业汇算清缴时全年应纳企业所得税税额
企业所得税税率为25%。
应纳企业所得税税额=465.5×25%=116.375万元

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###最终答案总结：
1.企业所得税收入总额：5593.5万元
2.税前准许扣除的销售费用：200万元
3.税前准许扣除的管理费用：364万元
4.税前准许扣除的营业外支出：4万元
5.调整后的应纳税所得额：465.5万元
6.应纳企业所得税税额：116.375万元
祝您学习愉快！