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亲爱的学员，您好！很高兴能为您提供帮助，您的问题答复如下：
不是，答案不是A选项41.28万元，是因为计算土地增值税时与转让房地产有关的税金，仅包括实际缴纳的附加税费，而不是全额增值税。

具体分析如下：

1.甲公司转让2018年购入的办公楼，属于非房地产开发企业转让不动产。根据规定，非房企转让不动产可以选择适用简易计税方法，也可以选择一般计税方法。

2.如果选择简易计税方法，增值税的计算公式为：
$(5000-3000)÷1.05×5%=95.24$万元。

3.城市维护建设税和教育费附加的计算基数是实际缴纳的增值税，即95.24万元。
-城市维护建设税：95.24×7%=6.67万元
-教育费附加：95.24×3%=2.86万元

4.与转让房地产有关的税金合计为：95.24+6.67+2.86=104.77万元。但题目明确说明“不考虑印花税和地方教育附加”，因此只计算增值税和附加税费，即95.24+6.67+2.86=104.77万元。

5.但题目选项中没有这个数值，说明实际计算中可能采用了不同的计税方式。如果选择一般计税方法，增值税的计算需要考虑销项税额和可抵扣的进项税额。

6.如果选择一般计税方法，假设购入时取得的增值税专用发票注明的进项税额为3000×10%=300万元（假设购入时适用10%税率），而转让时销项税额为5000÷1.09×9%=412.84万元（假设适用9%税率），则应纳增值税为412.84-300=112.84万元。

7.城市维护建设税和教育费附加的计算基数是112.84万元：
-城市维护建设税：112.84×7%=7.90万元
-教育费附加：112.84×3%=3.38万元

8.与转让房地产有关的税金合计为：112.84+7.90+3.38=124.12万元。

9.但题目选项中没有这个数值，说明实际计算中可能采用了不同的计税方式。

10.正确答案是C选项14.28万元，是因为题目中可能采用了简易计税方法，并且只计算了城市维护建设税和教育费附加，而没有计算增值税。

综上，答案不是A选项41.28万元，是因为计算土地增值税时与转让房地产有关的税金仅包括实际缴纳的附加税费，而不是全额增值税。
祝您学习愉快！