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根据《中华人民共和国企业所得税法》第三章第七条规定，有限合伙企业落户无锡经开区时，协议约定需要缴纳的税费主要包括：一是企业所得税；二是增值税；三是营业税。例如，当有限合伙企业在无锡经开区收入1000万元，则他们需要缴纳的税费为：企业所得税：25%*1000万=250万；增值税：17%*1000万=170万；营业税：3%*1000万=30万。其中，由年度累计企业所得税适用50%税前扣除规定，可扣除企业所得税125万。因此，有限合伙企业收入1000万元，其税费最后只需缴纳145万。