“有一部分行业，国家已经在税收政策上给予了很大幅度的优惠，这次内外资所得税率统一的影响远没有外界想象得那么大。而且，按照目前内外资企业统一到25%税率水平的政策，一些行业里的内资企业享受着比25%更低的所得税率。”国内电信设备制造商中兴通讯公司一人士告诉记者，两税合并不是简单的从33%到25%的加减法，而是一个庞杂的系统工程，由于不同行业、不同地区、不同企业执行不同的税率，所以对内资企业的影响并不是一边倒的利好。
显然，对于所有内资企业来说，今年两会上提交审议的企业所得税法草案成为所有内资企业（包括国有和民营企业）关注的焦点。 十几年来，中国打出了招商引资的旗帜，对外资企业的政策优惠几乎上升到了“国宾”待遇，从土地优惠到所得税减免名目繁多，但内资企业在自家地盘上却遭受了“冷遇”。一位软件企业的老总告诉记者，这在中国企业界已经是一个共识，对外资政策上的过分倾斜将内资企业逼进了死胡同，而最直接的影响就是利润被稀释了。
如果用最简单的方式来计算，草案将对内、外资两种类型企业实行同一企业所得税标准，税率统一设为25%.按照25%的税率，内、外资企业所得税由名义税率33%均降低了8个百分点。按照2008年开始新税法的推测，与现行税法的口径相比，财政将减收约930亿元，据测算，内资企业可少交纳约1340亿元，而这仅仅是一个粗略计算的数字。
有专家表示，整体来看，内资企业所缴纳的所得税降低了，特别是对于那些没有税收优惠政策照顾的行业。比如国内一些大型国有企业，像中国移动、中国联通、中国电信、中国网通等电信领域，以及电力行业、石油领域、纺织、食品加工、服务业等，这些过去没有吃过政策“偏饭”的内资企业业绩都将随着两税合一而获益。中国联通新闻发言人告诉记者：“如果所得税由33%下调至25%后，会进一步改善联通的现金流，是一大利好消息。”
但对于那些已经在税收上享受着优惠政策企业来说，两税合并看起来更像是鸡肋。软件行业就是一个典型，根据国务院《鼓励软件产业和集成电路产业发展的若干政策》的规定，软件年营业收入超过1亿元人民币且当年不亏损，或者年出口额超过100万美元而且软件出口额占本企业年营业收入50%以上，或者在年度重点支持软件领域内销售收入列前五位的软件企业（满足三项条件之一即可）可享受10%所得税待遇。只要被列入“国家规划布局内重点软件企业”名单中，所得税率都按照10%征收，相比，要远远比25%的调整后的税率低很多。
用友软件方面告诉记者，2006年用友软件母公司被认定为国家规划布局内重点软件企业，享受10%所得税待遇，比以前15%的税率降低了5个百分点，预计节省近900万元。即使剔除掉分、子公司不同的税率浮动因素，合并报表的综合所得税率也控制在10%-15%间。同样，瑞星公司也表示，大部分的软件企业都没有受到内外资所得税统一的影响，一个很大的原因就是软件企业已经得到了照顾性的优惠，当然，不排除政府会专门针对两税合并出台新的政策，但短期内仍没影响，而且国家鼓励软件产业的大政策方向是不会变的。
无独有偶，通信行业也是如此。国泰君安的证券分析师张文洁向记者表示，由于通信设备行业内企业大多属于高新技术企业，税改后仍享受15%的优惠税率及保留过度期优惠。如目前名义税率为15%、实际税率为13.96%的中兴通讯，利润主要来自于子公司中兴软件，中兴软件2006年是实行“两免三减半”的第4年，2008年起实行15%的优惠税率，因此新税法的实行对公司业绩影响有限。华为、大唐电信、普天等都属此列。
不过，在两税合一的草案中也有着利好的一面，比如新税法将研发费用中的科技开发费用按实际发生额抵扣应纳税所得额的比例从50%提高到150%、工资支出自计税工资调整为据实扣除、广告费、公益性捐赠的税前支出扣除政策等，这些政策微调都将提升内资企业的利润水平，中兴通讯上述人士对记者表示，总体来看，对通信行业的影响利大于弊。
