近日，有企业来电咨询，总分机构、母子公司在年终汇算清缴企业所得税时，其企业所得税纳税方式中经常提到的汇总纳税和合并纳税是如何区分的，在税款的计算上是否存在差别？
合并纳税适用的企业
《国家税务总局所得税管理司关于合并缴纳企业所得税政策执行问题的函》（所便函[2008]27号）明确，《企业所得税法》第五十二条规定：“除国务院另有规定外，企业之间不得合并缴纳企业所得税”。在国务院对企业合并缴纳企业所得税政策尚未作出规定前，原经国家税务局批准实行合并缴纳企业所得税的企业，暂按原规定继续执行。
《财政部、国家税务总局关于试点企业集团缴纳企业所得税有关问题的通知》（财税[2008]119号）为确保《企业所得税法》的平稳实施，根据新《税法》第五十二条规定，经国务院批准，对2007年12月31日前经国务院批准或按国务院规定条件批准实行合并缴纳企业所得税的企业集团，在2008年度继续按原规定执行。从2009年1月1日起，上述企业集团一律停止执行合并缴纳企业所得税政策。
根据上述规定，目前，可以实行集团内合并缴纳企业所得税的企业仅限于上述名单范围内的企业，其他企业一律不得自行合并缴纳企业所得税。在该名单上有包括中国五矿集团、中粮集团、中化集团等106家集团企业。
汇总纳税适用的企业
《国家税务总局关于印发〈跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理暂行办法〉的通知》（国税发[2008]28号）第二条规定，居民企业在中国境内跨地区（指跨省、自治区、直辖市和计划单列市，下同）设立不具有法人资格的营业机构、场所（以下简称分支机构）的，该居民企业为汇总纳税企业（以下简称企业），除另有规定外，适用本办法。
因此，对于实行汇总缴纳方式的企业是指在同一法人主体下，在境内跨地区设立了不具有法人资格的机构或者场所的情况下，需要按照国税发[2008]28号文件相关规定进行汇总缴纳。第三条规定，企业实行统一计算、分级管理、就地预缴、汇总清算、财政调库的企业所得税征收管理办法。第四条规定，统一计算，是指企业总机构统一计算包括企业所属各个不具有法人资格的营业机构、场所在内的全部应纳税所得额、应纳税额。第六条规定，就地预缴，是指总机构、分支机构应按本办法的规定，分月或分季分别向所在地主管税务机关申报预缴企业所得税。第七条规定，汇总清算，是指在年度终了后，总机构负责进行企业所得税的年度汇算清缴，统一计算企业的年度应纳所得税额，抵减总机构、分支机构当年已就地分期预缴的企业所得税款后，多退少补税款。
对于总分机构的汇总缴纳是按同一法人主体进行统一计算企业所得税，只是在季度时分支机构需要按照国税发[2008]28号文件中相关规定在所在地进行预缴企业所得税，但这部分预缴的企业所得税可以在年终与总机构统一汇算时抵减总机构应缴企业所得税。
根据以上规定，汇总缴纳适用于总分企业之间纳税；合并缴纳适用于母子公司之间纳税。只要是总企业、分企业关系，可直接按《跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理暂行办法》规定，实行统一计算、分级管理、就地预缴、汇总清算、财政调库的企业所得税征收管理办法计算缴纳税款。而母子公司之间实现合并纳税，必须经国务院批准。
目前，总机构在年终汇算清缴企业所得税时，其利润总额并不是单个分支机构利润总额简单相加，而是总企业、分企业会计报告的并表。也可以理解扣减掉内部抵消利润后确定，就是将整个企业视为一个企业核算。