补充养老保险、医疗保险是政府以政策指导和政策优惠为导向，由用工单位和员工共同出资，以资金积累和运作增值为主要特征，以提高出资单位员工养老待遇为主要特点的社会保险。缴纳补充养老保险、医疗保险涉及企业所得税和个人所得税问题。
企业所得税处理
《中华人民共和国企业所得税法实施条例》中规定，企业为投资者或者职工支付的补充养老保险费、补充医疗保险费，在国务院财政、税务主管部门规定的范围和标准内，准予扣除。《关于补充养老保险费补充医疗保险费有关企业所得税政策问题的通知》（财税[2009]27号）规定：“自2008年1月1日起，企业根据国家有关政策规定，为在本企业任职或者受雇的全体员工支付的补充养老保险费、补充医疗保险费，分别在不超过职工工资总额5%标准内的部分，在计算应纳税所得额时准予扣除；超过的部分，不予扣除。”例如，振兴股份公司2009年为职工实际支付的工资、薪金总额为500万元，均系合理的工资、薪金支出。该企业2009年按工资、薪金支出总额的7%为职工支付补充养老保险费、按3%支付补充医疗保险费，即支付补充养老保险费35万元，支付补充医疗保险费15万元。
按财税[2009]27号文件规定，该公司在计算应纳税所得额时允许税前扣除的补充养老保险费和补充医疗保险费限额均为25万元（500万元×5%）。补充养老保险超标10万元（35万元－25万元），补充医疗保险不超标，可以扣除15万元。因此，该公司2009年应调增应纳税所得额10万元（35万元－25万元）。但需注意两项分别在限额内扣除，不可合计使用。
个人所得税处理
依据《中华人民共和国个人所得税法》及财税字[1997]144号文件规定：“企业和个人按照国家或地方政府规定的比例提取并向指定金融机构实际缴付的住房公积金、医疗保险金、基本养老保险金不计入个人当月的工资、薪金收入，免征个人所得税。超过国家或地方政府规定的比例缴付的住房公积金、医疗保险金、基本养老金，应将其超过部分计入个人当月的工资、薪金收入，计征个人所得税。”国税函[1999]615号批复中也明确：“对职工取得的补充养老保险金应全部计入发放当月个人的工资、薪金收入，合并计征个人所得税。”即根据现行规定，基本养老保险、医疗保险可在税前扣除，但是单位为职工缴纳的补充养老保险和补充医疗保险必须在税后扣除。
【例】北京市某企业职工刘某于2009年8月取得工资5000元，该企业还为刘某缴付超过规定比例的医疗保险金、基本养老保险金3000元，则刘某2009年8月份应当缴纳的个人所得税（工资、薪金）计算如下：（5000＋3000－2000）×20%－375=825（元）。