企业归集的研发费用，与《企业所得税法》所定义的可以加计扣除的研发费用是否一致？在现行新旧会计制度、准则并行的情形下，纳税人又该如何掌握税前扣除的口径？
《企业研究开发费用税前扣除管理办法（试行）》（国税发[2008]116号）第七条规定，企业根据财务会计核算和研发项目的实际情况，对发生的研发费用进行收益化或资本化处理的，可按下述规定计算加计扣除：
（一）研发费用计入当期损益未形成无形资产的，允许再按其当年研发费用实际发生额的50%，直接抵扣当年的应纳税所得额。
（二）研发费用形成无形资产的，按照该无形资产成本的150%在税前摊销。除法律另有规定外，摊销年限不得低于10年。
有纳税人问道，这里的“根据财务会计核算和研发项目的实际情况，对发生的研发费用进行收益化或资本化处理”应该如何理解呢？
根据《企业会计制度》（财会[2000]25号）第四十五条规定，自行开发并按法律程序申请取得的无形资产，按依法取得时发生的注册费、聘请律师费等费用，作为无形资产的实际成本。在研究与开发过程中发生的材料费用、直接参与开发人员的工资及福利费、开发过程中发生的租金、借款费用等，直接计入当期损益。已经计入各期费用的研究与开发费用，在该项无形资产获得成功并依法申请取得权利时，不得再将原已计入费用的研究与开发费用资本化。
而《企业会计准则第6号——无形资产（2006）》第十三条则规定，自行开发的无形资产，其成本包括自满足本准则第四条和第九条规定后至达到预定用途前所发生的支出总额，但是对于以前期间已经费用化的支出不再调整。
纳税人的疑问正是源于上述新旧核算制度对企业自行开发无形资产的计量原则的不同规定。可以说，在原制度下，研究与开发过程中发生的材料费用、直接参与开发人员的工资及福利费、开发过程中发生的租金、借款费用等，都直接计入当期损益；新会计准则下，符合条件的开发阶段的费用是要进行资本化处理的。但现行法规并没有对所有企业强制要求使用新准则，这种核算的差异必然引起研发费用扣除的差异。那么，纳税人执行原会计制度与执行新会计准则对加计扣除有什么影响？是否要进行纳税调整？
首先，符合税法规定，加计扣除的研发费用分为两种：一是直接计入当期损益；二是形成可摊销的无形资产。根据国税发[2008]116号文件第七条规定，如何界定费用化还是资本化，税法采取了尊重企业财务会计核算的原则，既然现行法规并没有对所有企业强制要求使用新准则，那么仍使用旧制度核算的研发费用，税法应该也是认可的。
其次，也是最重要的一点，符合税法规定加计扣除的研发费用与会计核算中研发费用的口径并不一致。会计上作为研发费用核算的，税法未必可以享受加计扣除。比如用于研发的房屋折旧，财政部《关于企业加强研发费用财务管理的若干意见》（财企[2007]194号）规定按照研发费用归集核算，但国税发[2008]116号文件却没有包括这部分内容。不难看出，国税发[2008]116号文件中“允许在计算应纳税所得额时按照规定实行加计扣除”的各项费用支出，和财企[2007]194号文件中“研发费用”的核算内容相比，“直接、专门、现场、成果”一类的强调性字眼更多一些，税前能否加计扣除，事关所得税税基，口径严谨而细致。企业在对研发费用的日常核算中，对照财企[2007]194号文件规定执行，但在进行加计扣除时，却必须严格按照国税发[2008]116号文件执行，对研究开发费用实行专账管理，如果开发费各项目的实际发生额归集不准确、汇总额计算不准确的，主管税务机关有权调整其税前扣除额或加计扣除额。
需要提醒纳税人注意的是，同一企业同一时期，对不同事项在进行会计处理时，不能同时选择适用新旧规定，即已经选择执行新准则的企业应全面执行新企业会计准则体系，包括基本准则、具体准则和会计准则应用指南，所有事项不能再适用《企业会计制度》等旧规定。
最后，还需要提示纳税人注意的是，享受研发费用加计扣除的企业必须按照国税发[2008]116号文件规定，对研发费用实行专账管理，同时必须按照办法附表的规定项目，准确归集填写年度可加计扣除的各项研发费用实际发生金额。在年度汇算清缴所得税申报时向主管税务机关报送办法规定的相应资料。申报的研发费用不真实或者资料不齐全的，不得享受研发费用加计扣除，主管税务机关有权对企业申报的结果进行合理调整。