《财政部 国家税务总局关于个人非货币性资产投资有关个人所得税政策的通知》（财税〔2015〕41号）将技术发明成果纳入非货币性资产范畴，规范了对以技术发明成果投资行为的个人所得税处理。根据该文件第二条规定，技术发明成果转让收入减除该资产原值及合理税费后的余额为应纳税所得额。因此，计算应纳税所得额需要确定资产转让收入、资产原值和合理税费三个项目的金额。

第一，按照财税〔2015〕41号文件第二条规定，技术发明成果转让收入应按照评估后的公允价值确认。如果经过资产评估确定的价值与投资取得的股权比例不符，应当以评估确定的价值为公允价值。例如，甲以自有技术发明成果与他人合作创立一企业，注册资本100万元，甲占30%，则按照股权比例计算投入的技术发明成果价值为30万元，但是如果评估确定的价值为40万元，则应以40万元为转让收入。

第二，根据《个人所得税法实施条例》，技术发明成果的原值是指为取得技术发明成果而发生的相关费用，即所有者为获得技术发明成果的所有权而发生的经济利益流出的总和。确定财产原值时应注意以下问题：

1.只有和技术发明成果相关的费用能计入财产原值，对于自主研发的成果，财产原值仅包括与成果研发相关的研究和开发费用；对于外购的成果，财产原值包括购买价款和相关税费。例如，以正在申请专利的技术成果投资，其财产原值不包括申请专利发生的费用；但是以专利成果投资，其财产原值包括申请专利发生的费用。

2.如果发生的费用除用于取得技术发明成果，还用于其他用途，则应按受益原则进行分摊。例如购入实验设备同时研发多项技术成果，则按期计提的折旧应当按照为研发不同项目使用的时间分摊到不同项目。

3.纳税义务人应当提供完整、准确的财产原值凭证，如不能准确计算，应由主管税务机关核定其财产原值。但是对于受赠取得的技术成果，其财产原值应按零计算。

第三，技术发明成果转让过程发生的合理税费，是指技术发明成果所有权转移时发生的符合规定的各项税收、费用。主要涉及：

1.增值税。根据《财政部、国家税务总局关于在全国开展交通运输业和部分现代服务业营业税改征增值税试点税收政策的通知》（财税〔2013〕37号）附件3《交通运输业和部分现代服务业营业税改征增值税试点过渡政策的规定》第一条，转让技术发明成果税率为6%，但可以享受免征增值税优惠，如果转让方按6%开具增值税专用发票，则受让企业可以按6%抵扣进项税额。因此无论是否免征，增值税都不属于“合理税费”的范畴。

2.城建税及附加。转让方如果选择按6%缴纳增值税，则附随缴纳的城市维护建设税、教育费附加和地方教育费附加可以计入合理税费。

3.印花税，可以计入合理税费。按照印花税暂行条例及实施细则的规定，转让专利权、软件著作权属于“产权转移书据”税目，由立据人按记载金额0.5‰贴花；转让非专利技术属于“技术合同”税目，由立合同人按记载金额0.3‰贴花。

4.如果转让标的系专利权、软件著作权，还需要缴纳变更权属登记的相关行政事业性收费，此项费用也可以计入合理税费。

综上，以技术发明成果投资的个人所得税应纳税所得额=评估公允价值-为获得技术发明成果所有权而发生的费用-转让时发生的合理税费。