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农产品一直是虚开发票的重灾区，原因在于上个纳税环节不缴税或者少缴税，下个纳税环节仍可以计算抵扣进项，不法分子正是盯住了这一漏洞。为了弥补这一缺陷，国家出台了农产品进项税额核定扣除的相关政策。
一、什么是核定扣除
核定扣除是指纳税人按税务机关确定的方法和审定的扣除标准计算当期允许抵扣的农产品增值税进项税额，而不再凭增值税扣税凭证抵扣增值税进项税额。
二、适用范围
目前纳入试点范围的农产品包括液体乳及乳制品、酒及酒精、植物油。其纳税环节包括购进农产品用于生产销售，委托加工均适用于农产品增值税进项税额核定扣除办法。除上述规定以外的纳税人，其购进农产品仍按现行增值税的有关规定，抵扣农产品进项税额。
三、核定扣除方法
（一）投入产出法
纳税人以购进农产品为原料生产货物的，适用投入产出法进行核定扣除。
当期允许抵扣农产品增值税进项税额=当期农产品耗用数量×农产品平均购买单价×扣除率÷（1＋扣除率）
当期农产品耗用数量=当期销售货物数量×农产品单耗数量
其中，扣除率为销售货物的适用税率，目的是为了体现增值税对增值额征税的特点，使得最终产品销项计算税率和它的原料进项计算税率相一致。农产品单耗数量是参照国家标准、行业标准确定的，不是纳税人的个别标准。
【案例1】甲公司2019年6月销售1000吨乳制品，原乳单耗数量为1.02，原乳平均购买单价为2000元每吨。
当期允许抵扣农产品增值税进项税额=1000×1.02×2000×9%÷（1＋9%）=168440.37（元）
（二）成本法
成本法侧重于农产品耗用金额的控制，企业根据税务机关核定的农产品耗用率计算确定本期农产品成本，最后确定当期允许抵扣的增值税进项税额。
当期允许抵扣农产品增值税进项税额=当期主营业务成本×农产品耗用率×扣除率÷（1+扣除率）
农产品耗用率=上年投入生产的农产品外购金额/上年生产成本
“主营业务成本”中不包括其未耗用农产品的产品成本，在计算时应当予以扣除。农产品耗用率由试点纳税人向主管税务机关申请核定。
【案例2】乙公司2019年6月份销售1000吨乳制品，其主营业务成本为6000万元，农产品耗用率为80%。
当期允许抵扣农产品增值税进项税额=1000×80%×9%÷（1+9%）=66.06（万元）
（三）参照法
试点纳税人购进农产品生产销售上述产品以外的其他产品，可采取“参照法”。在投产当期增值税纳税申报时向主管税务机关提出申请，参照所属行业或者生产结构相近的其他纳税人的平均水平，确定农产品单耗数量，由主管税务机关据实核定，并报省税务局备案。
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