国务院决定从1月1日起全面实施增值税转型改革。然而，有部分企业担心增值税转型改革后，可能由于对地方财政收入产生较大影响而导致政策落实不到位问题，或是变相增加企业额外负担。
生产型增值税对固定资产所含税额不予扣除，给中央和地方带来较高的财政收入。实行消费型增值税后，在短期内必然引起增值税收入的减少，尤其是在经济结构以第二产业为主的地方，这种负面影响更为明显。虽然增值税转型后税收收入中所得税、消费税的增收因素潜力较大，但因消费税征税范围过窄，所得税增长一般需要在好几年后才能逐步体现，因此在一定时期内对地方财政收入来讲还不足以弥补增值税减少的损失。而且我国沿海不少地方的第三产业发展较慢或是出口依赖度较高，其财政对增值税的依赖性也较强，个别地方财政减收现象显现，容易诱发增值税转型形成的财政压力转移。税务机关万一顶不住地方的征收任务而打出税收政策“擦边球”，就会影响到企业的正常经营。
不仅企业对增值税转型的政策效应心存忧虑，就是个体工商户也担心当地变相调高每月税收定额，“早有消息说，2009年的税收定额还要调整。”对此，我省国税部门有关人士表示，目前尚未接到、也没有下发调高增值税定期定额的文件。
另外，业内人士希望国家创造条件扩大增值税的征税范围。因为企业外购固定资产的已纳税额并没有给予全部抵扣，允许抵扣进项税额的只是其中的机器设备部分，而厂房等建筑工程不动产部分因交纳的是营业税，其税额不可能作为进项税额予以抵扣。因此建议把营业税改为中央地方共享税或中央税，或是提高地方共享增值税的比例。
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