近年来，专项资金支出在财政公共支出中所占比例不断增加，专项资金支出的使用管理直接影响财政资金的使用效率和效果。根据审计中发现的问题，我们认为应从四个方面加强对财政专项资金使用管理。
一是建立项目库，规范专项资金项目管理。首先要对用款单位专项资金项目申请进行严格审核；其次要建立“专项资金项目库”，将通过审核的项目纳入该项目库管理；然后根据轻重缓急程度进行先后排序，并提供给预算部门参考；最后由预算部门结合财力情况进行预算安排或追加。
二是细化预算编制，拓宽专项资金管理方法。要细化预算，使预算支出严格落实到每一个项目，在对专项资金实行项目库管理的基础上，对已完专项的资金使用情况加以分析和利用，合理确定同类项目的支出标准，作为预算编制的参考；同时要有效控制或尽量减少专项资金中人员经费的比重，使专项资金预算能够反映资金的最终用途及结构。
三是进一步完善制度建设，制定专项资金管理办法。 要实现专项资金的优化和高效益，就必须作出科学的使用安排，建立从政策控制、过程控制到效率控制的高效支出控制机制。出台关于专项资金管理的若干规定，确定总体原则和规则；在此基础上，对于特定项目资金的管理再制定相应的具体办法，以构建一个较完善的专项资金管理制度框架，保证专项资金的使用有章可循。
四是强化监督，提高专项资金使用效益。在加强科学编制和合理细化专项资金预算，以及有效开展绩效评价的基础上，有关部门要把重点放到日常监督上来，实现全方位、多层次、多环节的监督，保证各项专项资金的专款专用和效益最大化的实现。
