事业单位经营支出是指事业单位在专业业务活动及其辅助业务活动之外开展非独立核算经营活动发生的支出。做好事业单位经营支出审计对于规范事业单位经营行为、促进事业单位健康发展具有重要意义。做好事业单位经营支出审计应以下从三方面入手：
审查事业单位的收入与支出是否相配比，开展的非独立核算经营活动是否正确归集或按规定的比例合理分摊实际发生的各项费用数。
审查事业单位的经营支出是否严格执行开支标准和范围，支出中是否存在乱提成或变相为职工滥发钱物等问题。
审查事业单位的经营支出是否与经营活动有关，是否存在将经营活动以外的开支并入经营支出等违规问题。
