日本国库设在大藏省，具体业务由大藏省理财局下设的国库课负责。根据《大藏省组织令》第48条规定，国库课负责：

　　1.协调国库收支；

　　2.与国库制度、通货制度有关的调查、规划及法案起草；

　　3.与国库资金的出纳、管理及运用相关的事务；

　　4.国家保管资金及国家有价证券的管理；

　　5.国债的发行、偿还及付息；

　　6.监督日本银行的国库资金及国债交易事务；

　　7.以保证政府合同规定支出的及时执行为目的，而要求支出单位提供报告，并进行实地监督和指示；

　　8.货币和纸币的发行、回收及取缔；

　　9.制定日本银行券的制造发行计划；

　　10.类似纸币的证券的取缔。

　　根据日本《会计法》第34条规定，日本银行必须承担国库资金的出纳业务，并把日本银行吸收的国库资金视为国家存款。同法第36条规定，日本银行国库资金的出纳业务，必须接受会计检察院（专职审计财政资金的独立机构）的审计监督。同法第37条还规定，日本银行在保管国家资金时如造成损失，其赔偿责任按民法和商法规定处理。

　　由此可见，就国库业务而言，日本银行受大藏省委托承担出纳工作，大藏省是日本银行的客户，但它是特殊客户。日本银行不仅要及时地按规定入库、出库，而且《日本银行国库资金工作规程》第78条规定，日本银行总行必须每天编制国库资金的资产负债表和国库资金的收付报告表，并提交大藏省。