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根据《中华人民共和国增值税法》的规定，免税农产品的销售不需要缴纳增值税，因此也不能抵扣进项税额。但是，如果免税农产品的销售与应税销售同时存在，那么可以按照销售额比例抵扣进项税额。具体操作方法需要根据实际情况进行核算。