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自然人独资有限公司的税务风险主要有以下几个方面：
1. 税收政策风险：税收政策的变化可能会导致公司的税务风险增加或减少。例如，税率的调整、税收优惠政策的取消等。
2. 税务合规风险：公司需要严格遵守税法规定，如未按规定报税、漏报税、逃税等行为都可能导致税务风险。
3. 税务审计风险：税务机关对公司进行税务审计时，如发现公司存在违法行为或未按规定缴纳税款等情况，将会面临罚款、滞纳金等风险。
4. 跨境税务风险：如果公司涉及到跨境贸易或投资，需要遵守国内和国际税法的规定，如避税、反避税等行为都可能导致税务风险。
5. 会计处理风险：公司的会计处理是否准确、合规也会影响税务风险。如虚增或虚减收入、虚报或漏报费用等会引发税务机关的审查和调查。

因此，自然人独资有限公司需要认真履行税务义务，保持良好的纳税记录，并积极了解税收政策和法规，以降低税务风险。