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申请商标费用应当计入会计科目中的“研究与开发费用”或“无形资产”的账户中。具体应当根据公司的会计政策和实际情况来确定。如果商标费用是用于开发新产品或服务的，则应当计入“研究与开发费用”账户中；如果商标费用是用于购买或注册商标，则应当计入“无形资产”账户中。