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长期租赁合同中的租赁预付款和租赁保证金应该分别确认为资产和负债。

租赁预付款是指在租赁期开始前支付的租金，通常是为了获得租赁权而支付的。根据《企业会计准则》的规定，租赁预付款应该确认为资产，并在租赁期内按照实际使用情况摊销到当期损益中。

租赁保证金是指租赁期间承租人向出租人支付的一笔保证金，用于保证承租人按照租赁协议的规定履行租赁义务。根据《企业会计准则》的规定，租赁保证金应该确认为负债，并在租赁期结束时或租赁协议终止时按照实际情况结转或退还。

需要注意的是，如果租赁预付款和租赁保证金的金额较大，可能会对企业的流动资金造成一定的影响，因此企业在签订长期租赁合同前应该仔细考虑并制定合理的资金计划。