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个人独资企业的经营所得应当按照《中华人民共和国个人所得税法》的规定进行申报纳税。具体操作如下：
1. 首先，个人独资企业需要在当地税务局注册并领取税务登记证。注册时需要填写相关信息，并选择适用的税务登记类型。
2. 个人独资企业在每个纳税年度结束后，需要在规定时间内向当地税务局申报纳税。申报时需要填写《个人所得税汇算清缴申报表》，并提交相关证明文件和税务机关要求的其他资料。
3. 个人独资企业在申报纳税时，需要根据其实际经营所得计算应纳税额。具体计算方法为：经营所得总额减去相关费用和损失后，再按照适用税率计算应纳税额。
4. 根据规定，个人独资企业可以选择按月或按季申报纳税。按月纳税的企业需要在每个月的15日前申报纳税，而按季纳税的企业需要在每个季度的15日前申报纳税。

以上就是个人独资企业的经营所得如何申报纳税的基本流程和操作要点。需要注意的是，个人独资企业在申报纳税时应当遵守相关法律法规和税务机关的要求，确保申报信息的真实性和准确性。