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当盈余公积超过注册资本时，需要进行以下处理：
1. 将超过部分转移至资本公积金中，使其不超过注册资本。
2. 如果资本公积金已经达到上限，则将超过部分转移至未分配利润中，但需要注意不得超过法定或章程规定的分配比例。
3. 如果未分配利润中已经没有足够的空间，则需要进行减资或者增资的处理。

减资的方式可以是将部分资本减少，使其与盈余公积相等，然后将盈余公积转移至资本公积金或未分配利润中。

增资的方式可以是通过向股东发行新股来增加注册资本，从而使其与盈余公积相等。