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小规模纳税人免收增值税后，进项税额不能直接抵扣，但可以按照以下方式处理：
1. 将进项税额计入成本费用：将进项税额计入成本费用中，以减少税前利润，从而降低应纳税所得额。
2. 申请退税：小规模纳税人可以将已缴纳的进项税额申请退税。退税的具体操作和程序可以向当地税务机关咨询。

需要注意的是，以上处理方式需要符合相关税法和税务规定，建议在处理进项税额抵扣问题时咨询专业会计师或税务专家的意见，以确保合规操作。