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对于由法人代付货款，发票开给法人公司的情况，可以抵扣进项税额。具体的执行流程如下： 1、法人应按规定办理进项税额抵扣相关手续，包括购买货物或接受服务使用的劳务专用发票和购买货物或者接受服务使用的普通发票。 2、法人公司按规定办理抵扣进项税额时，使用发票作为凭证，按照规定填写和提交相应的申报文件，向税务机关办理抵扣手续。 3、税务机关审核后，由税务机关出具抵扣凭证，法人在凭抵扣凭证缴纳税款时，扣除抵扣的进项税额。 法人代付货款，发票开给法人公司，抵扣进项税额，这个程序在实际操作中，尤其是跨年度抵扣，就需要将货物的发票准确的按照月份归档，以便于未来在报税时，进行跨年度抵扣。此外，一定要注意购买货物或接受服务使用的普通发票中，其金额大于十万元的，必须填写“税控盘”上识别号，并注明购物方对应的“税务登记证号”，以确认是真实的企业抵扣的现象。