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处理外贸公司在工厂注销后，货款已付款但是未开票的情况，可以采取以下步骤： 一、首先，应搜集与工厂相关的资料及材料，证明公司实际支付了货款。 二、其次，可以采取立案诉讼的方式，以诉讼的方式要求工厂把发票开出来，以保证退税的正常流程。 三、或者可以向当地政府申请人民法院仲裁，请求工厂把发票开出来，保证最终能够退税。 四、同时，外贸公司也可以向发票服务机构寻求协助，以便尽快取得发票，保障货款正常流转。 五、最后，确保一定保存好双方之间的货款支付凭据以及交易记录，以便退税时能够顺利通过税务审查。 拓展知识：申请发票时，除了原始发票外，还需要提交进出口报关单、货物运输工具清单、出口退税计算书等文件，以确**税的顺利完成。