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不能。根据《个人所得税法》第二十九条的规定，专项附加扣除受纳税人年度在一家单位工作期间取得的收入所实施，即一个人在两个公司工作期间，只能在其中一家单位申请专项附加扣除，另外一家单位不能申请专项附加扣除。此外，申请专项附加扣除时，应根据该纳税人实际受雇于一家单位收入，填写正确的细目代码，否则有可能被税务机关认定不予批准。 拓展知识： 专项附加扣除是指在纳税人收入中，为纳税人扣除一定比例的税款，以减少纳税人所需缴纳的税费。专项附加扣除主要包括双薪制所得扣除、子女教育、住房贷款利息和住房租金扣除等内容。不同的专项附加扣除会有不同的标准和规定，因此纳税人在申请专项附加扣除时，应当弄清楚具体情况，按照规定申请，以确保有效减少纳税金额。