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开票应该是开100万，但需要做出一个说明。因为实际付款是参照账单相关信息，而账单规定的是100万，除非账单上明确有其他相关条款，否则应按100万开票。而且，发票上应标明付款金额及原因，例如“实际付款金额80万，原因：工厂延期”。另外，在开票时，公司还需要特别提醒工厂注意税务报表的核销，防止税收虚开。拓展：税务报表核销是指企业依据实际情况对发票进行逐笔计算，确定税基金额，以及应纳税款和已纳税款之间差，以确保发票金额，税基金额及纳税款填报真实准确。