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首先，建设施工企业在异地施工的地方预缴的企业所得税，需要在机构所在地税务局进行税款管理。当公司年度汇算清缴为亏损时，税务机关会根据有关规定，把所预缴的企业所得税退还给机构所在地税务局。 具体的退税操作也有相应的规定，一般是需要建设施工企业在机构所在地税务局提出申请，核实相关文件，然后由机构所在地税务局按照有关规定，审核核定后将款项退还给企业。 以上是关于建设施工企业如何处理异地施工缴纳的企业所得税以及如何退还的指导意见，拓展知识：考虑到机构所在地税务局给企业退税比较繁琐，有的企业都做好了全额预缴的准备，实际亏损后再申请抵免。