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可以扣除分包款，但是需要遵守税法规定，比如在跨地区设立的项目当地应当设立办事机构，并办理纳税登记等，才可以扣除分包款。另外，还要提交相关的申报文件，以及及时报送申报表格，以便公司审核，确保扣除分包款的合法性。