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专项应付款与普通应付款的区别在于其用途不同。

专项应付款是指企业为了特定目的而设立的应付款项，例如企业向供应商预付货款、向员工预付工资等。这些款项通常具有专门的用途和限制，需要在特定的时间内使用完毕，否则可能会导致损失。

普通应付款则是企业日常经营活动中产生的应付款项，例如向供应商购买商品、向员工支付工资等。这些款项没有专门的用途和限制，可以在较长的时间内使用和支付。

总之，专项应付款和普通应付款的区别在于其用途和限制不同，企业在管理和使用这些款项时需要根据具体情况进行区分和处理。