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员工工资个人所得税的计算方法如下：
1. 首先确定员工的工资收入总额，包括基本工资、津贴、奖金、绩效工资等。
2. 根据国家税务部门公布的个人所得税税率表，确定员工应纳税所得额。个人所得税税率表根据月收入额和应纳税所得额确定不同的税率和速算扣除数。
3. 根据税率表计算员工应缴纳的个人所得税额。具体计算方法为：应纳税所得额 × 税率 - 速算扣除数。
4. 最后，将员工应缴纳的个人所得税额从工资总额中扣除，得出员工实际可获得的工资收入。

需要注意的是，个人所得税是按月计算和缴纳的，每月应当将应缴纳的个人所得税及时扣除并上缴至税务部门。