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捐赠支出的扣除方式主要有以下几种：
1. 按照企业所得税法的规定，企业在计算应纳税所得额时，可以将其实际发生的向社会公益事业捐赠支出，在计算应纳税所得额时予以扣除。但是，企业向同一公益组织捐赠的总额不得超过当年企业实际利润总额的10%。
2. 对于个人所得税，个人向慈善组织、教育、科技、文化、卫生等公益事业捐赠，可以在申报个人所得税时享受税前扣除的优惠政策。具体扣除标准根据不同地区的规定可能会有所不同。
3. 对于非营利组织，捐赠支出可以在组织的财务报表中进行核算，用于计算组织的净资产和财务状况。同时，非营利组织还可以向政府或其他机构申请补贴或基金，以支持其公益事业的开展。