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个人独资企业应纳税所得额的计算方法如下：

应纳税所得额 = 销售收入 - 营业成本 - 费用

其中，销售收入指个人独资企业在一定期间内的商品销售收入和劳务报酬收入；营业成本指销售商品或提供劳务所发生的成本，包括直接成本和间接成本；费用包括税金及附加、销售费用、管理费用和财务费用。

需要注意的是，个人独资企业的应纳税所得额还需要扣除个人所得税的起征点和各项扣除项目，最终得出应纳税所得额。