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非盈利机构在月末结转会计科目时，处理捐赠收入的方法如下：
1. 首先，将捐赠收入记录在捐赠收入科目中。这是一个收入类科目，通常是在收入类科目中的一个子科目。
2. 如果捐赠收入是有条件的，即捐赠者对捐赠资金的使用有特定要求，那么需要将这部分收入分配到相应的受益科目中。例如，如果捐赠者要求将捐赠资金用于特定项目，那么需要将捐赠收入分配到该项目的受益科目中。
3. 如果捐赠收入是无条件的，即捐赠者没有对捐赠资金的使用做出特定要求，那么可以将捐赠收入直接记录在一般收入科目中。
4. 在月末结转时，需要将捐赠收入进行汇总，并将其转入资本或净资产科目中。这表示捐赠收入已经为非盈利机构增加了资金或净资产。

需要注意的是，捐赠收入的处理可能会根据不同的非盈利机构和具体情况而有所不同。因此，在处理捐赠收入时，建议参考相关的会计准则或法规，并根据实际情况进行适当的处理。