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在避免重复计算子女教育扣除额度的情况下，可以采取以下措施：
1. 双方协商：双方都填写了子女教育扣除，可以协商决定由其中一方进行申报，另一方不再申报。这样可以避免重复计算扣除额度。
2. 分摊扣除额度：如果双方都希望享受子女教育扣除，可以协商决定按比例分摊扣除额度。例如，每个人分别申报一半或按照子女教育费用的实际支付比例进行分摊。
3. 提供相关证明文件：如果双方都坚持要申报子女教育扣除，可以提供相关证明文件，如子女的学费收据、教育机构的收费证明等，以证明扣除额度的合理性和真实性。

无论采取哪种方式，都建议双方保留好相关的证明文件和申报材料，以备将来可能的审查和核查。另外，如果有其他特殊情况或疑问，建议咨询专业会计师或税务机构，以确保申报的准确性和合规性。