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亲爱的学员，您好！很高兴能为您提供帮助，您的问题答复如下：
直接缴纳的税额是指企业在经营过程中直接向税务机关缴纳的各种税费。这种情况通常适用于企业的所得税、增值税等。其基本计算公式为：
\[应纳税额=计税依据\times税率-减免税额\]间接负担的税额是指企业通过提高商品或服务的价格，将税收负担转嫁给消费者或其他购买者的情况。这种情况下，企业实际上承担的是代收代缴的角色。例如消费税、关税等。其计算公式通常为：
\[应纳税额=销售金额\times税率\]涉及到三层企业时（如母公司-子公司-孙公司），直接缴纳的税额和间接负担的税额需要根据各层企业的具体业务情况分别计算。一般情况下，每层企业都需要按照上述公式独立计算其应缴纳税额，并考虑可能存在的税收优惠政策、抵扣项等。如果存在关联交易，则还需要遵循相关税务规定处理跨层级之间的交易，确保符合转让定价原则，避免因不合理转移利润而产生的税务风险。
祝您学习愉快！