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亲爱的学员，您好！很高兴能为您提供帮助，您的问题答复如下：

一、小规模纳税人征收率的基本规则与阶段性优惠基本规则：增值税小规模纳税人销售货物等应税行为，适用的征收率通常为3%。比如甲公司作为小规模纳税人，正常情况下销售货物按3%计算缴纳增值税。阶段性减免政策：在特定时期（像2023-2027年期间有阶段性优惠延续趋势，具体以实际政策为准），为支持小微企业等发展，对小规模纳税人适用3%征收率的应税销售收入，减按1%征收率征收增值税。题目中业务发生在2025年1-3月，大概率可适用该3%减按1%的优惠政策。 

二、B公司业务中按1%计税的逻辑甲公司是按季度申报的增值税小规模纳税人，销售货物给B公司时，符合3%征收率应税行为条件。基于上述阶段性优惠政策，可减按1%征收率计算缴纳增值税。所以，在确定计税依据和开票时，适用1%的征收率，并非直接按3%，这是政策给予小规模纳税人的减免优惠。 

三、放弃免税（此处是放弃1%减征，回归3%计税逻辑，虽题目没明确说放弃免税，但涉及专票开具与征收率选择）与3%税率的关系放弃优惠的情形：如果甲公司因B公司要求开具增值税专用发票（专票开具后，购买方B公司可按票面税额抵扣，而小规模纳税人若享受1%减征，开具专票时需注意政策规定），且选择放弃1%减按优惠，那么可以按3%征收率计算缴纳增值税并开具3%征收率的专票。但实务中，小规模纳税人适用1%是“减按征收”，并非“免税”，若要开具3%专票，需按规定放弃该笔业务的1%减征优惠，按3%计税缴税。题目未明确放弃优惠时的处理：题目没说甲公司放弃1%减征优惠，在可适用1%减按政策的情况下，正常是按1%征收率开票计税；若B公司要求开专票，甲公司可选择按3%征收率开票（需放弃1%优惠，按3%缴税），也可在符合政策条件下，开具1%征收率的专票（部分地区政策允许，具体看当地执行，且购买方B公司取得1%专票，按票面税额抵扣）。简单说，正常有1%阶段性优惠时，甲公司可按1%计税开票；若B公司要专票且甲公司选择放弃1%优惠，才按3%，题目里提的1%是基于阶段性减征政策，和3%是“基本征收率+阶段性优惠”的关系，需结合政策适用场景判断，你疑惑的点核心是没关联上小规模纳税人阶段性3%减按1%的优惠政策，梳理后就能清晰区分啦。（注：因政策时效性强，具体以业务发生时最新税收政策为准，这里是结合常规阶段性优惠逻辑分析）

祝您学习愉快！