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亲爱的学员，您好！很高兴能为您提供帮助，您的问题答复如下：
根据题目描述，该企业为小规模纳税人，按季度缴纳增值税。2024年4月无销售，5月销售A货物取得含税收入20.6万元，6月销售自建厂房取得含税销售额500万元。根据相关政策，小规模纳税人销售货物适用3%的征收率，而销售不动产（如自建厂房）适用5%的征收率。具体计算如下：1.5月销售A货物的增值税：由于是含税收入，需先进行价税分离，再按3%的征收率计算增值税。$$\text{应纳增值税}=\frac{20.6}{1+3\%}\times3\%=0.6\text{万元}$$2.6月销售自建厂房的增值税：销售不动产适用5%的征收率，同样需进行价税分离。$$\text{应纳增值税}=\frac{500}{1+5\%}\times5\%=23.81\text{万元}$$3.合计应缴纳的增值税：将两部分增值税相加：$$0.6+23.81=24.41\text{万元}$$因此，该企业二季度应缴纳的增值税税额为24.41万元，选项C是正确答案。
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