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亲爱的学员，您好！很高兴能为您提供帮助，您的问题答复如下：
甲企业业务11中将办公楼出租，在办公楼所在地预缴增值税时适用3%的税率，而不是5%，是因为根据增值税的相关规定，一般纳税人出租不动产在不动产所在地预缴增值税时，适用的预缴税率为3%。这是为了平衡税收在不动产所在地和企业机构所在地之间的分配，避免税收全部留在不动产所在地。

具体来说，一般纳税人出租不动产，虽然在申报时可能适用9%的税率，但在预缴环节，为了简化操作并合理分配税收，规定预缴税率为3%。这样可以确保税收在不同地区的合理分配，同时减轻企业预缴时的计算负担。
祝您学习愉快！