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亲爱的学员，您好！很高兴能为您提供帮助，您的问题答复如下：
应交所得税的计算是基于税法规定的应纳税所得额。在本题中，利润总额为4000万元，但需要进行纳税调整的项目包括：
1.国债利息收入500万元，属于免税收入，应从利润总额中扣除；
2.交易性金融资产公允价值上升1500万元，税法规定在实现时才确认，因此应从利润总额中扣除；
3.其他权益工具投资公允价值上升100万元，虽然会计上确认了公允价值变动，但税法上不认可，也应从利润总额中扣除。

但题目中并未将100万元扣除，是因为其他权益工具投资的公允价值变动在计算应交所得税时，其影响不是直接调整利润总额，而是通过递延所得税的处理来体现。因此，应交所得税的计算只调整了国债利息收入和交易性金融资产的公允价值变动，而其他权益工具投资的公允价值变动影响递延所得税负债，而不是应交所得税。
祝您学习愉快！