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亲爱的学员，您好！很高兴能为您提供帮助，您的问题答复如下：
这是因为两个案例计算的税种不同，所以处理方式也不同。

在计算消费税组成计税价格时，材料成本直接使用收购价格，不需要扣除进项税额。消费税的计税依据是材料成本和加工费，与增值税的进项税额抵扣无关。所以甲酒厂委托乙酒厂用收购的高粱加工粮食白酒案例中，在计算消费税组成计税价格时，高粱材料成本不扣除扣除额。

而在计算增值税时，按照规定，纳税人购进用于生产或者委托加工13%税率货物的农产品，要按照10%的扣除率计算进项税额。在计算材料成本时，应将已经抵扣的进项税额从农产品买价中扣除，以净额计入组成计税价格。所以另一酒厂委托乙酒厂用收购的免税农产品加工白酒案例，因计算的是加工白酒（增值税税率为13%）的组成计税价格，所以材料成本要扣除农产品进项税额。
祝您学习愉快！