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单位、合伙企业（基金）转让新三板上市企业股份，增值税的缴纳情况不确定，存在争议。 一种观点认为需要缴纳增值税。依据是《财政部 国家税务总局关于全面推开营业税改征增值税试点的通知》（财税〔2016〕36 号）规定，金融商品转让包括转让有价证券等，新三板企业股权可归为 “有价证券”，且《国务院关于全国中小企业股份转让系统有关问题的决定》（国发〔2013〕49 号）提到，市场建设中涉及税收政策的，原则上比照上市公司投资者的税收政策处理，上市公司股票转让需缴纳增值税，所以新三板企业股权转让也应缴纳。一般纳税人适用 6% 税率，小规模纳税人适用 3% 征收率，以卖出价扣除买入价后的余额为销售额。 另一种观点认为无需缴纳增值税。因为新三板挂牌企业属于非上市公众公司，其股权不属于有价证券，根据现行增值税税制安排，股权转让不属于增值税征收范围，只有股票在内的金融商品转让才属于增值税的征税范围，所以转让新三板企业股权暂不征收增值税。