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有限责任公司自然人股东撤资所得款项可以少于按公司净资产和所占比例计算的金额。但根据《股权转让所得个人所得税管理办法（试行）》，这种情况属于股权转让收入明显偏低。若有正当理由，税务机关通常会认可；若无正当理由，税务机关可能会按照净资产核定法等方法核定股权转让收入，并据此计算个人所得税。 在你所举案例中，若税务机关不认可该价格，会按净资产份额核定收入为 2800×30%=840 万元，应纳税所得额为 840-30=810 万元，个人所得税为 810×20%=162 万元，而非按实际所得计算出的 4 万元。