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跟对方公司在不同省份注册个体户有一定的风险。一方面，在不同省份做税务筹划有一定的税法风险，因为税法制度在各省份有一定差别，具体的发票信息，计算方式以及其他方面等都是不一样的，所以需要考虑这些不同的因素，因此可能会存在跨省份税务筹划上的风险。另外，不同省份之间的个体户税务登记也存在一定问题，比如有些省份可能没有相应的税务登记管理，所以在注册的时候会有风险，同时也需要考虑到以后税务管理和维护的成本。 拓展知识：另外，因为跨省份开票会影响税收负担，所以在跨省份开票之前，适当考虑其他税收负担形式，例如抵扣税、减免税、增值税分拆及进项税额转出。这样可以最大限度的减少税收负担，也是很多企业跨省份开票的一个重要考虑因素。