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在扣除境内非关联方的研发费方面，通常有以下几种方式： 1、现金支付：企业按照研发协议约定的金额支付给非关联方，由此可得到投资支出准确可控，直接可见效果。 2、折旧支付：企业选择向研发服务提供者支付折旧费，在一定期限内按月支付费用，且折旧金额满足税务发票要求。 3、折扣支付：企业内部将投资额分期付款，每次支付后给予非关联方一定的折扣返还，降低投资成本。 4、投资补助：企业投资进入研发项目，可以申请政府扶持投资补助，以此来降低工程研发费用。 以上就是关于扣除境内非关联方研发费的详细说明，此外，企业还可以根据具体情况结合税收政策，采取绩效激励、补贴等方式，从而更有效地控制研发费用成本。