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是的，公司代开租金发票，由于房租合同写的是不含税不开票的，所以去代开发票的时候，税款应当由公司来承担。税款可以直接从公司账户扣除，按照正常的税务流程，公司可以将购买房租所产生的税款申报给税务机关，以便申报企业所得税，公司可以通过减免企业所得税来降低税务负担。 此外，除了从企业所得税进行减免之外，公司还可以对其所开具租金发票作财产折旧扣除，以及将其报销费用纳入经营费用中，这样可以有效降低企业的税务负担。综上所述，公司代开的租金发票可以作为公司的费用，由公司承担相应的税款，房东的税可以直接从公户扣除。