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根据《财政部、国家税务总局关于非营利组织企业所得税免税收入问题的通知》(财税〔2009〕122号)规定，从2008年1月1日起，符合条件的非营利组织的下列收入为免税收入： (一)接受其他单位或者个人捐赠的收入; (二)除《中华人民共和国企业所得税法第七条规定的财政拨款以外的其他政府补助收入，但不包括因政府购买服务取得的收入; (三)按照省级以上民政、财政部门规定收取的会费; (四)不征税收入和免税收入孳生的银行存款利息收入; (五)财政部、国家税务总局规定的其他收入。 《国家税务总局关于进一步贯彻落实税收政策促进民间投资健康发展的意见》（国税发[2012]53号）第三条规定：“对非营利性医疗机构按照国家规定的价格取得的医疗服务收入，免征各项税收( 2008年1月1日以后，不包括企业所得税)。”因此，非营利性医疗机构按照国家规定的价格取得的医疗服务收入属于企业所得税应税收入，应当依法计算缴纳企业所得税。

非营利性医疗机构自用的房产 、 土地 、 车船 ， 免征房产税 、 城滇土地便用税和车船便用税 。 公立医院 ， 政府举办的医院都属于事业单位性质 ， 由国家财政部门拨付事业经费的单位自用的土地属于免征土地使用税的范围 。 《环境保护税法 》 第五条 ： 依法设立的城乡污水隼中处理 、 生活垃圾隼中处理场所超过国家和地方规定的排放标准向环境排放应税污染物的 ， 应当缴纳环境保护税 。 企业事业单位和其他生产经营者贮存或者处置固体废物不符合国家和地方环境俣护标准的 ， 应当缴纳环境保护税 。 

根据《国家税务局关于印花税若干具体问题的规定》(1988)国税地字第25号文件规定:对有经营收入的事业单位,凡属由国家财政部门拨付事业经费,实行差额预算管理的单位,其记载经营业务的账簿,按其他账簿定额贴花,不记载经营业务的账簿不贴花.因此,非营利性的公立医院(有财政拨款),各类应税合同、凭证,权利许可证照等应当缴纳印花税.记载经营业务的账簿按件五元贴花或汇总缴纳.