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C公司开给客户的发票与收入确认： 当C公司向客户开具发票时，根据《中华人民共和国发票管理办法》的规定，发票是收付款的凭证，但并不意味着必须立即确认收入。C公司应基于与客户之间的合同或协议，以及实际的销售活动来确认收入。 如果C公司与客户之间的交易是代销性质，并且合同中规定C公司仅收取代销手续费，那么C公司在收到货款并转交给B公司之前，可能并不确认销售收入，而是确认代销手续费收入。 A公司开具的13%进项发票处理： C公司从A公司采购货物并获得13%的增值税专用发票，如果符合税法规定，C公司可以将此发票作为进项税额进行抵扣，以降低应缴纳的增值税。 如果有差价，C公司需要根据差价计算并缴纳相应的增值税。 B公司代销手续费的处理： C公司向B公司收取的6%代销手续费属于C公司的服务收入，C公司需要为这部分收入开具发票给B公司，并确认相应的收入。 C公司同时需要为这部分收入计算并缴纳相应的税费。 C公司并不是多交了税。C公司支付A公司的货物采购税金可以通过销售货物给最终客户后收到的货款中的税金进行抵扣。同时，C公司向B公司收取的代销手续费所缴纳的税金是基于其提供的服务收入。