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在这种情况下，建设单位在付款时是否应该扣减 6% 的税差需要综合考虑以下因素： 一、建设单位为一般纳税人 如果建设单位是一般纳税人： 一般情况下，建设单位在招投标及定案时按照 9% 的税率考虑成本，而中标单位为小规模纳税人只能开具 3% 的发票，建设单位可能会考虑调减税差。 然而，建设单位不能简单地直接扣减 6% 的税差。因为招投标及定案的价格通常是综合考虑了各项成本、利润等因素确定的，并非单纯基于税率。如果要调整价格，需要与中标单位进行协商，根据实际情况重新确定合同价格或补偿方式等。 二、建设单位为小规模纳税人 如果建设单位是小规模纳税人且收取普通发票： 从增值税角度来看，小规模纳税人不能抵扣进项税，所以税率的变化对其增值税税负没有直接影响。 但是，建设单位仍需考虑整体项目成本。虽然小规模纳税人开具的 3% 税率发票在增值税上影响不大，但可能会影响到企业所得税等其他税费的计算，以及项目的总成本和利润。如果在招投标及定案时未充分考虑小规模纳税人的税率情况，可能会对项目预算和成本控制产生一定影响。 总之，无论是建设单位是一般纳税人还是小规模纳税人，都不能简单地直接扣减 6% 的税差。双方应根据合同约定、实际情况进行协商，以确定合理的解决方案，避免产生合同纠纷和法律风险。同时，在招投标过程中，应明确对投标人的纳税资格要求和发票开具要求，以减少后续可能出现的问题。