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事业编制单位与企业单位的会计核算有以下不同点：
1. 会计制度不同：事业编制单位实行“预算收支管理制度”，而企业单位实行“企业会计制度”。
2. 财务目标不同：事业编制单位的财务目标是为了公共利益服务，而企业单位的财务目标是为了盈利。
3. 政府干预不同：事业编制单位的财务管理受到政府的严格监管和干预，而企业单位的财务管理相对自主。
4. 经费来源不同：事业编制单位的经费主要来自于政府拨款和社会捐赠，而企业单位的经费主要来自于销售收入和投资收益。
5. 财务报表不同：事业编制单位的财务报表包括预算执行情况表、收支储备金变动表、资产负债表和现金流量表等，而企业单位的财务报表包括资产负债表、利润表和现金流量表等。
6. 费用核算不同：事业编制单位的费用核算主要以项目为单位，而企业单位的费用核算主要以部门或成本中心为单位。

因此，事业编制单位与企业单位的会计核算存在较大的差异，需要根据不同的会计制度和财务目标进行管理。