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减免的增值税应该在会计账簿中以以下方式入账：
1. 借：应交增值税——减免税款
    贷：应交税费——增值税
2. 借：减免税款——应纳税额
    贷：应交增值税——减免税款

以上两种入账方式根据实际情况选择其中一种即可。需要注意的是，减免的增值税应该及时入账，以确保账务准确无误。